Após a enorme operação que levou ao confinamento do recém-recruta Kafka Hibino, também conhecido como Kaijuu nº 8, a Força de Defesa se viu em um dilema sobre como lidar com ele. Kafka é o primeiro kaijuu a se aliar aos humanos e, após cuidadosa consideração, é transferido para a Primeira Divisão da Força de Defesa, na esperança de que seu poder se junte à divisão mais forte, capaz de enfrentar qualquer ameaça. Contudo, alguns ainda duvidam de Kafka, e ele precisa provar seu valor na próxima missão.
Kafka e a Primeira Divisão são enviados em uma missão quando uma enorme horda de kaijuu, semelhantes a formigas, começa a causar destruição. Graças à força combinada de seu amigo Kikoru Shinomiya e do capitão Gen Narumi, a missão parece progredir conforme o planejado. No entanto, quando Kafka falha em se transformar em sua forma de kaijuu, o temível Kaijuu nº 9 entra na batalha com um único objetivo: eliminá-lo e roubar seu poder. Embora a situação pareça sombria, Kafka precisa superar seu maior desafio até agora, junto com os outros, se quiser continuar perseguindo seu sonho: lutar lado a lado com sua amiga de infância e capitã da Terceira Divisão, Mina Ashiro.










