Após uma fuga ousada do Museu da Memória, Sayaka Miki retorna à cidade de Mitakihara com notícias perturbadoras. Incomodada com o que descobriu, Sayaka revela a Madoka Kaname e Homura Akemi o paradeiro de Mami Tomoe — mas, mais importante, a verdade perturbadora por trás da existência das garotas mágicas. Apesar de saberem do cruel destino que as aguarda, as três resolvem rapidamente trabalhar juntas para salvar Mami de uma vez por todas.
Enquanto isso, na cidade de Kamihama, Yachiyo Nanami investiga vários “rumores” em busca do Hotel Fendt Hope, a sede das Asas de Magius. A organização de garotas mágicas é a única pista de Yachiyo para encontrar Iroha Tamaki, cujo desaparecimento permanece envolto em mistério. Determinada a reunir a Equipe Mikazuki Villa, Yachiyo jura destruir as Asas de Magius e impedir seus planos insidiosos.
Em meio a essa situação turbulenta, uma ameaça calamitosa se aproxima, apresentando um conflito terrível que colocará o mundo inteiro em risco.







